这里介绍的某些限制适用于所有的存储子程序，即存储程序和存储函数。某些限制仅适用于存储函数而不是存储程序。
对存储函数的的所有限制也适用于触发程序。
注释：如果SQL语句，如SELECT ... INTO语句包含具有相同名称的对列的引用以及声明的局部变量，MySQL会将引用解释为变量的名称。这是一种非标准的行为，优先顺序通常是列名、然后是SQL变量和参数。请参见20.2.9.3节，“SELECT ... INTO语句”。
存储子程序不能包含任意SQL语句。在存储子程序中，禁止使用下述语句：
· CHECK TABLES
· LOCK TABLES, UNLOCK TABLES
· LOAD DATA, LOAD TABLE
· SQL预处理语句（PREPARE、EXECUTE、DEALLOCATE PREPARE）。隐含意义：不能在存储子程序中使用动态SQL语句（其中，能够以字符串形式构造动态语句，然后执行它们）。从MySQL 5.0.13开始，对于存储程序放宽了该限制，但该限制仍适用于存储函数和触发程序。
· OPTIMIZE TABLE
对于存储函数（而不是存储程序），禁止下述额外语句：
· 执行显式或隐式提交或回滚操作的语句。
· 返回结果集的语句。包括没有INFO子句的SELECT语句，以及SHOW语句。能够用SELECT … INTO，或使用光标和FETCH语句处理结果集的函数。
· FLUSH语句。注意，尽管能够在存储程序中使用FLUSH，但不能从存储函数或触发程序调用这类存储程序。
注意，尽管某些限制在正常情况下适用于存储函数和触发程序，不适用于存储程序，如果它们是从存储函数或触发程序中调用的，这些限制也适用于存储程序。
使用存储子程序会导致复制问题。关于这方面的进一步讨论，请参见20.4节，“存储子程序和触发程序的二进制日志功能”。
INFORMATION_SCHEMA尚不包含PARAMETERS表，因此，对于需要在运行时获取子程序参数信息的应用程序来说，必须采用相应的规避错误，如解析SHOW CREATE语句的输出。
没有存储子程序调试工具。
存储子程序使用了具体化的光标，而不是固有光标（在服务器端生成结果集并对结果集进行高速缓冲处理，然后在客户端获取结果集时按行返回）。
不能提前处理CALL语句。无论是对服务器端预处理语句还是SQL预处理语句，均成立。
为了防止服务器线程间的交互问题，当客户端发出语句时，服务器将使用可用的、用于语句执行的子程序和触发程序快照。也就是说，服务器将计算出可在语句执行期间使用的存储程序、函数和触发程序的列表，加载它们，然后进入语句执行。这意味着，在语句执行的同时，它不会看到其他线程对子程序所作的变更。