如果你遇到一些非常明确的问题，你可以总是试着调试MySQL。要调试MySQL，你必须用--with-debug或--with-debug=full选项来配置MySQL。你可以检查MySQL是否是通过mysqld --help来和调试一起编译的。如果--debug标记和选项一起被列出了，你就可以调试了。在这种情况mysqladmin ver下把mysqld版本列成mysql ... --debug。
如果你使用gcc 或 egcs，推荐的configure 行如下：
CC=gcc CFLAGS="-O2" CXX=gcc CXXFLAGS="-O2 -felide-constructors \ -fno-exceptions -fno-rtti" ./configure --prefix=/usr/local/mysql \ --with-debug --with-extra-charsets=complex
这避免了libstdc++库和C++异常（很多编译器在线程代码里有C++异常的问题）的问题，并编译了一个支持所有字符集的MySQL版本。
如果你怀疑内存溢出错误，你可以用--with-debug=full来配置MySQL，这会安装一个内存分配（SAFEMALLOC）检查器。可是，运行SAFEMALLOC是非常慢的，所以如果你遇到性能上的问题，你应该 用--skip-safemalloc选项启动mysqld。这样禁止掉对调用malloc()和free()的内存检查。
当你用--with-debug编译mysqld时，如果它不再崩溃，你大致已经在MySQL内找到一个编译器缺陷或计时缺陷。这种情况下，你可以试着把-g加到上面的CFLAGS和CXXFLAGS变量，并且不使用--with-debug。如果mysqld失败，你至少可以gdb用附着上它或使用核心文件上的gdb去找出发生什么问题。
当你为调试配置MySQL时，你就自动允许许多额外的监视mysqld健康的安全检查函数。如果它们发现一些“不期望”的事，会写一个条目到stderr，safe_mysqld，指引这个stderr到错误日志！这也意味着如果MySQL发生什么意外的问题，并且你正使用一个源文件发布版本，那么你要做的第一件事就是去为调试配置MySQL！（第二件事是发邮件到MySQL邮件列表请求帮助）。请参阅1.7.1.1节，“MySQL邮件列表”。请根据你使用的MySQL版本对所有缺陷报告或问题使用mysqlbug脚本！
在Windows MySQL发布包里，mysqld.exe默认编译为支持追踪文件。