下列是已知关于MERGE表的问题：
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如果你使用ALTER TABLE 来把MERGE表变为其它表类型，到
底层表的映射就被丢失了。取而代之的，来自底层MyISAM表的行被复制到已更换的表中，该表随后被指定新类型。
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REPLACE不起作用。
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没有WHERE子句，或者在任何被映射到一个打开的MERGE表上的任何一个表上的REPAIR TABLE，TRUNCATE
TABLE, OPTIMIZE TABLE或ANALYZE TABLE，你不能使用DROP TABLE, ALTER TABLE, DELETE FROM。如果你这么做了，MERGE表将仍旧指向原始表，这样产生意外结果。解决这个不足最简单的办法是在执行任何一个这些操作之前发出一个FLUSH TABLES语句来确保没有MERGE表仍旧保持打开。
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一个MERGE表不能在整个表上维持UNIQUE约束。当你执行一个INSERT, 数据进入第一个或者最后一个MyISAM表（取决于INSERT_METHOD选项的值）。MySQL确保唯一
键值在那个MyISAM表里保持唯一，但不是跨集合里所有的表。
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当你创建一个MERGE表之时，没有检查去确保底层表的存在以及有相同的机构。当MERGE表被使用之时，MySQL检查每个被映射的表的记录长度是否相等，但这并不十分可靠。如果你从不相似的MyISAM表创建一个MERGE表，你非常有可能撞见奇怪的问题。
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在MERGE表中的索引的顺序和它的
底层表中的索引应该一样。如果你使用ALTER TABLE给一个被用在MERGE表中的表添加一个UNIQUE索引，然后使用ALTER
TABLE在MERGE表上添加一个非唯一索引，如果在
底层表上已经有一个非唯一索引，对表的索引排序是不同的。（这是因为ALTER TABLE把UNIQUE索引放在非唯一索引之前以利于重复键的快速检测 ）。因此对使用这样索引的表的查询可能返回不期望的结果。
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在Windows中，在一个被MERGE表使用的表上DROP TABLE不起作用，因为MERGE引擎的表映射对MySQL的更上层隐藏。因为Windows不允许已打开文件的删除，你首先必须
刷新所有MERGE表（使用FLUSH
TABLES）或在移除该表之前移除MERGE表。
对于MERGE存储引擎，在http://forums.mysql.com/list.php?93上有一个专门的论坛。