1. 启动关闭进程
2. 服务器根据需要创建关闭线程
3. 服务器停止接收新连接
4. 服务器终止当前的活动
5. 存储引擎被停掉或关闭
6. 服务器退出
下面是更详细的描述：
1. 启动关闭进程。
可以用多种方法启动服务器的关闭。例如，拥有SHUTDOWN权限的用户可以执行mysqladmin shutdown命令。mysqladmin可以用于所有支持MySQL的平台上。其它操作系统相关的关闭开始方法还可能有：在Unix中，当接收到SIGTERM信号后，服务器关闭。对于在Windows中作为服务运行的服务器，当服务管理器让它关闭时，则关闭。
2. 服务器根据需要创建关闭线程。
根据开始关闭的方式，服务器可以创建线程来处理关闭进程。如果客户端需要关闭，则创建关闭线程。如果收到SIGTERM信号后关闭，信号线程可以自己关闭，或者创建单独的线程来完成。如果服务器尝试创建关闭线程而不能创建(例如，如果内存被耗尽)，它在错误日志中给出诊断消息：
Error: Can't create thread to kill server
3. 服务器停止接收新连接。
在关闭过程中要想防止启动新活动，服务器停止接收新的客户端连接。它将关闭它帧听的网络连接：TCP/IP端口、Unix套接字文件、Windows命名管道和在Windows中的共享内存。
4. 服务器终止当前的活动。
对于每个与客户端连接相关的线程，与客户端的连接被中断，线程被标记为“杀掉的”。当线程注意到此类标记后则线程终止。空闲连接的线程很快终止。当前正处理查询的线程定期检查它们的状态，终止的时间较长。关于线程终止的详细信息，参见13.5.5.3节，“KILL语法”，特别是关于对MyISAM表的杀掉的REPAIR TABLE或OPTIMIZE TABLE操作。
对于有打开事务的线程，事务被回滚。请注意如果某个线程正在更新非事务表，多行UPDATE或INSERT等操作会使表部分更新，因为操作在完成前会终止。
如果服务器是主复制服务器，与当前连接的从服务器相关的线程的处理方式同其它客户端线程。即每个线程被标记为杀掉的，在下次检查他的状态后会退出。
如果服务器是从复制服务器，在客户端线程标记为杀掉的之前，激活的I/O和SQL线程被停止。SQL线程允许先结束它当前的语句(以避免造成复制问题)然后停止。如果此时SQL线程正位于事务中部，事务则 回滚。
5. 存储引擎被停掉或关闭。
在该阶段，表缓存被清空，所有打开的表被关闭。
每个存储引擎执行它管理的表需要的任何动作。例如，MyISAM清空任何挂起的表索引写操作。InnoDB将它的缓冲池清空到硬盘上（除非innodb_fast_shutdown为2），将当前的LSN写入表内，并终止自己的内部线程。
6. 服务器退出。