嵌入式服务器存在下述限制：
· 不支持ISAM表。 （这样做的主要目的是为了使库更小）。
· 没有自定义函数（UDF）。
· 没有对核心转储的堆栈跟踪。
· 没有内部RAID支持。 （由于大多数当前操作系统均支持大文件，通常情况下不需要它）。
· 不能将其设置为“主”或“从”（无复制）。
· 在内存较低的系统上，可能无法使用很大的结果集。
· 不能使用套接字或TCP/IP从外部进程连接到嵌入式服务器。 但是，你可以连接到中间应用程序，随后，该中间应用程序可代表远程客户端或外部进程连接到嵌入式服务器。
通过编辑“mysql_embed.h”包含文件并重新编译MySQL，可更改某些限制。